Để ứng dụng quy trình EDI thì giữa các doanh nghiệp đối tác với nhau thì cần phải yêu cầu những bên tham gia cần phải tích hợp hệ thống EDI. Các bên đối tác tham gia sẽ gửi và nhận dữ liệu điện tử dưới dạng chuẩn EDI. Và hiện nay thông thường sử dụng dạng chuẩn là UN/EDIFACT.

- Bên gửi chuẩn bị tài liệu điện tử để gửi đi: Những dữ liệu điện tử của bên gửi sẽ được mã hóa dưới dạng chuẩn EDI dựa vào hệ thống phần mềm của họ trước khi gửi đi để đảm bảo an toàn, bảo mật dữ liệu khi truyền tải.
- Dịch dữ liệu để truyền tải: Từ bộ chuyển đổi của EDI, phong bì EDI cho dữ liệu modern cần truyền tải để chuẩn bị truyền dữ liệu thông qua các phương tiện điện tử.
- Truyền tải dữ liệu:

+ Cách 1: Truyền EDI thông qua môi trường mạng Internet công cộng.

+ Cách 2: Truyền EDI thông qua mạng giá trị gia tăng – mạng VAN.

- Dịch dữ liệu truyền tới: Tại đây với hệ thống phần mềm của mình, phía bên nhận dữ liệu điện tử truyền tới sẽ tiến hành dịch các dữ liệu mà phía bên gửi gửi tới thông qua bộ hệ thống phần mềm của họ dựa theo các chuẩn EDI đã được quy định.
- Xử lý dữ liệu điện tử nhận được: Dữ liệu sau khi được dịch sẽ được chuyển đến hệ thống điện tử để xử lý.

Khi hoạt động, EDI sẽ rút thông tin từ những hoạt động hay lưu trữ của công ty và truyền tải thông tin dưới dạng máy tính đọc được qua các thiết bị viễn thông hoặc qua đường dây điện thoại. Ở phía bên nhận, dữ liệu có thể chuyển trực tiếp vào hệ thống máy tính của đối tác (bên nhận) và được xử lý hoàn toàn tự động với các ứng dụng nội bộ tại đây.